Αρνητική είναι η Διαρκής Ιερά Σύνοδος στην εφαρμογή του μέτρου ελέγχου των rapid test των πιστών σύμφωνα με τα όσα αποφάσισε η Ελληνική κυβέρνηση. Με ανακοίνωση που εξέδωσε αναφέρει τα ακόλουθα:
«Η Διαρκής Ιερά Σύνοδος συμπαρίσταται ολόθυμα στην μεγάλη προσπάθεια της Ελληνικής Κυβερνήσεως για την μη περαιτέρω εξάπλωση της πανδημίας. Υπενθυμίζει δε ότι η Εκκλησία από την πρώτη στιγμή στάθηκε αρωγός της Πολιτείας στην προσπάθεια αυτή με λόγο συναινετικό και λόγο ευθύνης.
Ομοίως συμμερίζεται την μεγάλη προσπάθεια από μέρους των ιατρών και των νοσηλευτών μας για την αντιμετώπιση της πανδημίας και συμπαρίσταται τόσο πρακτικά, όσο και ηθικά προτρέποντας όλους να εμβολιαστούν σύμφωνα με τις υποδείξεις της ιατρικής κοινότητας, ελεύθερα και αβίαστα.
Σταθερή θέση της Εκκλησίας μας είναι ότι η επιλογή του εμβολιασμού δεν αποτελεί ζήτημα ορθής πίστεως ή ομολογίας, αλλά αντικείμενο της ιατρικής επιστήμης και πράξη ατομικής και κοινωνικής ευθύνης. Κάθε δε αντίθετη άποψη, ακόμα και Κληρικών, δεν εκπροσωπεί την Εκκλησία της Ελλάδος, η οποία διοικείται και εκφράζεται επισήμως μόνο από την Ιερά Σύνοδο.
Αναφορικά προς την Κοινή Υπουργική Απόφαση 72486/19.11.2021 (Β’ 5401), σύμφωνα με την οποία οι πιστοί, όταν εισέρχονται στους Ιερούς Ναούς για να μετάσχουν σε Ιερές Ακολουθίες και να λατρεύσουν τον Αληθινό Θεό, οφείλουν να έχουν τα προβλεπόμενα πιστοποιητικά, θεωρεί ότι η συμμόρφωση των πιστών προς την Κ.Υ.Α. δεν είναι δυνατόν να ελεγθεί από το εργατικό (νεωκόροι) ή εθελοντικό προσωπικό των Ιερών Ναών, καθώς αυτό δεν έχει ούτε δυνατότητες, ούτε αρμοδιότητες φύλαξης, ούτε δημόσιες (π.χ. αστυνομικές) εξουσίες».